Befürworter der Klassifikation von Transsexualität als Krankheit argumentieren auch, dass diese Einstufung es erleichtern würde, medizinische Behandlungen bzw. die Übernahme ihrer Kosten durch Krankenkassen durchzusetzen. Gegner halten dieses Argument allerdings für nicht zutreffend. Das Bundessozialgericht entschied bereits 1987, dass nicht jeder "vom Leitbild des gesunden Menschen abweichende Körper- oder Geisteszustand" bereits eine Krankheit sei, so auch nicht die Transsexualität. Es könne jedoch durch die Transsexualität ein Leidensdruck entstehen, welcher einen Krankheitswert habe und damit die Pflicht zur Kostenübernahme durch die Krankenversicherungen begründe. (Urteil vom 6. Aug. 1987 (Az: 3 RK 15/86))

Trotz dieser und etlicher anderer entsprechender Urteile wird die Frage, warum die geschlechtsangleichende Maßnahmen (größtenteils) von den Krankenversicherungen (gesetzlichen wie privaten) übernommen werden müssen, immer noch gestellt. Meist werden für die Kostenübernahme zwei Argumente angeführt:

    - Jeder Mensch hat das Recht, ein möglichst gesundes und zufriedenes Leben zu führen. Ein Leben in einer Geschlechtsrolle, welche als unpassend empfunden wird, macht dies unmöglich. Für das Leben in einer anderen Geschlechtsrolle sind fast immer auch medizinische Maßnahmen notwendig; das notwendige Ausmaß dieser Maßnahmen kann nur im Einzelfall bestimmt werden. (S.o., Leidensdruck)
    - Eine Nichtbehandlung führt fast immer zu schweren psychischen, oft auch psychosomatischen Krankheiten, welche dann auf jeden Fall behandelt werden müssen. Da jedoch das zugrunde liegende Problem nicht gelöst wird, ist ein langfristiger Behandlungserfolg allerdings nicht zu erwarten. Es ist jedoch keineswegs billiger, die Behandlung der Transsexualität nicht zu bezahlen; denn bereits ein einziger Monat in einer psychiatrischen Klinik kostet im Schnitt mehr als eine genitalangleichende Operation von Mann zu Frau.